水是人类赖以生存的基础，随着人类社会生产的发展和技术的进步，水质污染现象日趋严重。病原微生物污染是我国水体污染的主要原因之一。污染水体的病原微生物种类繁多，而水中粪大肠菌群是水体粪便污染的指示菌，通过监测该项目可以准确的判断监测水域内污染程度，有效预报和控制流行疾病的发生与传播。
常见的水中粪大肠菌群检测方法如下：
1、多管发酵法
通过将污染水样接种入多根试管中进行恒温培养，利用大肠菌群繁殖时使乳糖发酵，并能使乳糖蛋白胨培养液变黄，同时产生气泡的特有现象，根据不同接种量的发酵管所表现阳性结果的数目，从MPN表中查的相应的MPN指数，计算每升水中粪大肠菌群的最近似值。
2、滤膜法
将水样注入已灭菌的放有孔径为0.45μm滤膜的滤器中，经过抽滤，将细菌截留在膜上，然后将滤膜贴于M-FC培养基上，经44.5℃温度下进行培养，计数培养基上呈蓝色或蓝绿色的菌落，计算出每升水的粪大肠菌数。
3、纸片法
采用纸片、纸膜、胶片等作为培养基载体，将特定的培养基和显色物质附着在上面，通过粪大肠菌群在上面的生长、显色来测定的方法，即粪大肠菌在纸片培养基上呈红色菌落，菌落周围产生黄圈是粪大肠菌分解乳糖产酸使指示剂变色的结果。
4、酶底物法
将加入酶底物检测试剂的100ml水样注入51孔或97孔的定量测量盘中进行密封后培养，由于大肠菌群细菌能产生一种β-半乳糖苷酶分解PG使得培养液呈黄色，同时大肠埃希氏菌可以产生葡萄糖醛酸酶分解MUG，培养液将会在波长366nm紫外光下产生荧光反应。通过计算有黄色反应和荧光反应的孔穴数，可对照MPN表查出其代表的粪大肠菌群最可能数。
水中粪大肠菌群
5、聚合酶链式技术
提取粪大肠菌群混悬液和待测水样的DNA，利用PCR技术扩增编码约260bp的LacZ基因（β-半乳糖苷酶基因）和约150BP的UdiA基因（β-D-半乳糖苷酶基因）的DNA片段，分别检测大肠菌群数和大肠杆菌。
6、荧光原位杂交技术
由于粪大肠菌群特异的DNA序列，借助荧光标记的特异寡聚核苷酸片段作为的探针与待测水样中的DNA分子杂交，将杂交细胞经荧光检测体系在镜下对待测DNA进行定性、定量分析，确定菌群数。
目前，大肠菌群检测方法发展很快，已提高到分子生物学水平，使检测更快速、准确。酶底物法以其操作简便、检测周期短，将取代多管发酵法、滤膜法等传统方法，尤其是酶底物法采用密封培养技术，在检测医院污水时可以减少人员接触而降低检测人员的致病风险，因此具有更强的实用价值和应用价值，正是目前水中粪大肠菌群的快速检测标准方法之一。