在我国的生活饮用水卫生学评价中，对于检测的微生物指标是有着严格的规定要求，就大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希菌这些作为指标菌。目前最为传统的方法就是多管发酵法，这种方法的检测周期是比较长，整个实验操作步骤是比较多的，而且不能对生活饮用水的卫生学做出快速的评价，那比如在发生自然灾害的情况下，对于水质的检测是需要用微生物来做为指标的。这是为了保证灾区人民群众饮水的基本安全保障，所以传统方法就不太适合，那最新的酶底物法检测系统是可以快速检测水中微生物，能够最大限度的保证饮水安全。
酶底物法 （ enzyme substrate technique）的原理是 :利用大肠菌群细菌能产生β2半乳糖苷酶 （β2D2galactosidase）分解 ON 2PG （O rtho2 nitrophenyl2β2D2galactopyranoside ） 使培养液呈黄色 ,检测水样中是否含有大肠菌群。利用大肠埃希菌产生 β2葡萄 糖 醛 酸 酶 （ β2glucuronidase ） 分 解 MUG （ 42 methyl2umbelliferyl2β2D2glucuronide）使培养液在波长 366 nm紫外光下产生蓝色荧光 , 检测水样中是否含有大肠埃希菌。酶底物法有商品化试剂供应 ,实验操作简便 ,无需确认试验 ,可同时检测水样中大肠菌群和大肠埃希菌。如果改变培养温度 ,还可检测耐热大肠菌群。该方法检测周期短 , 18 ～24 h 即可报告最终结果。可见该方法最大的特点是节省了时间和人力。
酶底物法应用的优势：
1.检测数据准确
酶底物法运用程控定量封口机和定量封口盘检测水质，检测出来的结果精准度高，实验结构更公正性。而且针对于检测结构不需要二次验证，更高效。
2.简单快捷
运用程控定量封口机检测，检测时间不超过24小时，通过简单的操作指导后就能够上手操作，不需要对玻璃器皿进行清洗，减轻工作量。更适合与大量样品的检测。